正值太平洋战争期间的某天夜晚，牧真人的母亲久子居住的医院失火，导致他失去了母亲，性格也变得寡言。隔年，身为军需工厂经营者的父亲胜一与母亲的妹妹夏子再婚，真人与父亲搬迁到母亲家族的所在的神奈川县川崎市（鹭沼站）居住。夏子的住所是一间传统日式宅院，庭院中有一座早年失踪的曾舅公以陨石建造的石塔。真人抵达时，留意到宅邸周遭有着一只苍鹭。入住后真人对那座塔感到好奇，试图想从掩埋的入口进入，但却被宅邸的老仆人们劝阻[20]。当晚夏子告诉真人，她会等真人适应环境后，再告知有关石塔的事情。
转学的第一天，真人搭著父亲开的车抵达学校而引发男同学们嫉妒，又因可免于课后劳动，在回家的路上与同学们打了一架。事后真人用石头刻意敲打自己的头造成严重伤口，回家后父亲认为真人被学校同学打伤，前往学校跟校长与老师争论。真人在房间里休养时，那只苍鹭进入了真人的房间，用人话对他透露出他的母亲并没有死去。随后它引导真人入梦，让真人做了一场被鱼和青蛙吞噬的梦境[21]。与此同时，夏子带领仆人们寻找真人的下落，她用弓射出一只箭赶走了苍鹭。
在家养伤了一段时间，真人仍无法接受夏子是自己的新母亲。夏子也为此自责而动了胎气。对于那只会讲人话的奇异苍鹭，真人用竹子与它掉落的羽毛制作一把弓箭，想伺机用来对付它。
有一天，真人不经意瞥见夏子走向森林的内处。之后他在房间内测试弓箭而不慎翻倒桌上的书籍，当他整理书籍时，他发现了一本母亲生前为他留下的小说《你想活出怎样的人生》，在阅读过程中，真人有所感触流下了泪水[20]。在当天的黄昏时分，夏子在森林的失踪引起宅邸骚动，真人和老仆人雾子一起进入塔的后门寻找夏子时，却被关在里头。在塔里，那只会说人话的苍鹭现身后，向真人展示了一个假的母亲给他看，真人之后摧毁了假像，并用弓箭射穿苍鹭的上喙，使得苍鹭丧失维持鸟型态的能力，而变成人类模样的苍鹭男。之后在塔的顶层冒出一名神秘人物，他发出命令后，真人被苍鹭引导进入了名为“下界”的领域[20]。真人刚抵达下界便遭遇鹈鹕群的攻击，在慌乱中打开一座墓门，之后被一名女性掌船者，也就是年轻时模样的雾子所救。
生活在下界的年轻雾子平时过着捕获鱼类事务，因鱼的内脏是用来滋养回到人间界灵魂“哇啦哇啦”的重要物品，真人便主动帮忙雾子完成取得鱼内脏的工作。当真人忙完抽空走到外头，目击到有鹈鹕在狩猎哇啦哇啦，这时候在海面上一名待在船上的少女“火美”，利用自己的力量燃放烟火赶走了鹈鹕。随后雾子向真人解释，火美是一位能帮助哇啦哇啦返回人间界的重要伙伴。
晚上真人睡不着前去厕所时，发现到一只受火美的力量影响而濒死的老鹈鹕，老鹈鹕向真人表示，因为海里几乎没有鱼，困在这一片受诅咒海洋导致它们只能吃哇啦哇啦充饥。在真人将耗尽精力死去的老鹈鹕安葬时，苍鹭男突然冒出在他身旁。翌日，真人准备帮苍鹭男取水的时候，苍鹭男透露出自己知晓夏子的下落，让真人相当吃惊。之后真人接受与苍鹭男和解的建议，与他一起出发寻找夏子[21]。
另一方面，现实世界的众人在寻找真人与夏子过程里，有进一步揭晓大叔父过去在一颗神秘物体坠落在当地池畔时，发现到该物体里头是一座石塔，他便借着建修宅邸工程来掩盖石塔的存在。老仆人们也向真人父亲透露出，久子生前年轻时也曾有因不明缘故失踪，经历一年后才再度现身宅邸的事件。
在真人与苍鹭男寻找夏子的过程中，苍鹭男提到夏子目前所待的铁匠小屋里，已被一群据说会吃人、性情凶猛的鹦鹉群占领。真人与苍鹭男抵达目的地后，落入了鹦鹉群的圈套，幸而火美及时现身让真人解围。火美之后让真人先待在她的住处，建议真人稍作休息再拯救夏子，并提到许多地方都存在着石塔踪迹。随后真人与火美一起出发，走到了可回到原来世界的门时，再次遭遇鹦鹉群的攻击。为了摆脱追兵，真人急忙开启门逃往原本的世界，并在门外刚好遇见正在寻找真人的父亲胜一，同时也让大量的鹦鹉窜入原本的世界，让胜一目睹到鹦鹉群返回到原本世界后姿态产生的变化模样而大为吃惊。之后真人与火美赶紧从门口再度返回下界，抵达夏子所在的产房[21]。
在产房中，真人试图劝说夏子一起回去原本的世界，但被对方拒绝。在真人理解到对方内心的纠结后，决定接受夏子这名继母的存在时，真人被产房内的一股力量弹出。随后火美向控制下界的石塔之主许愿，希望让真人与夏子回到本来的时代，但两人遭到石头力量的影响给震飞而陷入昏迷，随后被鹦鹉群捕获。在昏迷时，真人从梦境里与之前在塔顶的神秘人物相见，对方正是过去在塔里失踪，被众人认为已离世的大叔父。真人随后得知大叔父的真实身份是控制下界平衡的能力者，并且是石塔的塔主。他希望真人能继承他的位置，来继续维持下界这个异境的平衡[21]。
醒来后，真人发现自己被捕捉在鹦鹉群的厨房里，之后由伪装成鹦鹉的苍鹭男解危。在得知火美遭鹦鹉王捕获，被带去大叔父所在的塔顶与其交易后，真人与苍鹭男一同尾随鹦鹉王，并与大叔父再次会面。在大叔父向真人说明平衡下界的方法，以及需要与他有血缘关系、内心无恶意的对象才能成为继任者后，真人拒绝对方的要求，选择回到自己的世界，并说出从之前来到夏子的家到现在进入下界以来一路上所体会到的感触。而鹦鹉王对大叔父想委托给别人来平衡下界的这个决定感到不满，一气之下斩碎用来维持下界平衡的堆石，造成下界开始崩坏毁灭[21]。
在众人逃脱时，雾子赶到塔楼拯救真人一行。来到可返回原来世界的门前，火美拒绝了真人要求一起回到他所处世界的提议，并坦承自己真实身份正是少女时期的久子，为了确保真人的诞生不会受到时间悖论的影响，她必须回到自己所属的时代，并欣然接受未来无可免于被烧死的命运。真人接受了这个事实后与火美道别，一行人平安地回到他们原先的世界，与正好在外头寻找他们的父亲重逢[21]。
经历下界历险后一段时间，战争也跟着结束。剧情最后是在真人听见胜一的呼唤，离开自己的房间，与家人一起返回东京的场景下落幕。